Обновленный алтарь располагается спереди и слева от главного. Алтарю около трехсот лет, он считается одним из первых установленных в костеле.
Аутентичный алтарь был позолоченным, однако в прошлом веке позолоту скрыли под серой краской. Реставрацией занимались мастера из Беларуси и Польши. Алтарь полностью разобрали, восстановили поврежденные насекомыми деревянные части и вновь покрыли позолотой, как в прежнем варианте. Работа заняла около двух лет.
Алтарь Святой Троицы — третий по счету восстановленный в последнее время после главного, пострадавшего от пожара, и алтаря Михаила Архангела, расположенного в левом нефе и открытого два года назад.